Schyłek XIX wieku to okres szybkiego rozwoju gospodarczego Inowrocławia oraz idącego w ślad za tym znacznego napływu ludności z okolicznych wsi. Miasto rozwijało się głównie w kierunku zachodnim, ku nowo powstałemu zdrojowisku, oraz północnym, w stronę stacji kolejowej. Ruch budowlany widoczny był również po wschodniej stronie średniowiecznych obwarowań, notabene sukcesywnie likwidowanych, gdyż dawno przestały być komukolwiek potrzebne, a na ich wartość zabytkową nikt jakoś nie zwracał wtedy uwagi. W tym rejonie wcześniej już powstały, m. in. Królewskie Gimnazjum i szpital. W 1896 roku Rada Miejska tutaj też postanowiła zlokalizować nowy gmach szkoły elementarnej, Sprawa była szalenie pilna, jako że miasto nie miało zupełnie warunków do nauczania dziewcząt, a trzeba zaznaczyć, że było ich ponad 1000 (w wieku szkolnym) w liczącym wówczas 23,5 tysiąc mieszkańców Inowrocławiu. Problem chłopców rozwiązany został jako tako już 1886 roku, kiedy oddano do użytku I Szkołę Miejską przy ul. Świętego Jerzego (Szkołę Podstawową nr 3 im. Stanisława Staszica).
Nową, 6-klasową szkołą wzniesioną przy ul. Panny Maryi (Marienstrasse), na parceli wykupionej od Józefa Kańciaka. Nie znamy nazwiska projektanta, którym był zapewnie jakiś niemiecki architekt - może z Charlottenburga lub z Wrocławia? Wiemy natomiast, że główne prace murarskie realizował tutejszy budowniczy Teodor Wettcke, który później wsławił się wzniesieniem okazałej żydowskiej synagogi przy ul. Solankowej. Cegłę zamówiono u znanego inowrocławskiego przemysłowca Bernharda Schwarsenza, właściciela kilku okolicznych cegielni. Urządzenia do centralnego ogrzewania dostarczyła i zamontowała firma Emila Kellinga z Berlina. Ta ostatnia wiadomość jest o tyle godna odnotowania, że nowo wznoszona szkoła była jednym z pierwszych gmachów w Inowrocławiu wyposażonym w tego rodzaju system grzewczy. Zasadnicze prace budowlane rozpoczęły się wiosną 1897 roku, a zakończyły jesienią 1898 roku. 17 października 1898 roku nastąpiło uroczyste otwarcie szkoły. Przemawiali: pierwszy burmistrz Inowrocławia Ernst Hesse, inspektor szkolny Juliusz Winter i nowo mianowany rektor Paul Schwarz. Oprócz tegoż rektora władze oświatowe zatrudniły dziesięciu, a później jeszcze dalszych ośmiu nauczycieli, sprowadzonych często z głębi państwa niemieckiego. Ich nazwiska w większości wskazują na niemiecką przynależność narodowościową. Wśród uczennic przeważały natomiast dziewczęta polskie, którym jednak nie było dane posługiwać się na lekcjach językiem ojczystym, stopniowo, ale konsekwentnie wyrugowanym z życia szkolnego, w końcu nawet z nauki religii.
NAZWA SZKOŁY
Różnie nazywano nową szkołę, zamiennie pojawiały się następujące określenia: "II Szkoła Miejska" (II Stadtschule), "szkoła elementarna" (Volkschule), "szkoła żeńska" (Madchenschule), "szkoła symultanna", tj. skupiająca dzieci różnych wyznań, lub po prostu "szkoła przy ulicy Panny Maryi" (Marienschule). Znamienne, że od samego początku, obok tych licznych określeń, funkcjonowała nazwa "Szkoła Panny Maryi" (Marienschule) i z czasem ona właśnie zaczęła dominować.Trudno powiedzieć, na ile było to wyłącznie wynikiem ówczesnych zwyczajów, każących wiązać nazwę szkoły z nazwą ulicy lub pobliskiego kościoła, a na ile również rezultatem przemyślanej polityki Polaków, którzy tylko w ten sposób mogli dać wyraz swym religijnym i narodowym aspiracjom, tylko tym jednym akcentem mogli pokazać swym córkom, że chodzą one, co prawda, do szkoły niemieckiej, ale tkwiącej korzeniami w polskiej tradycji. Jeśli weźmiemy pod uwagę fakt, że w kilka lat później powstała III Szkoła Miejska, którą powszechnie zwano "Szkołą św. Wojciecha" (obok pomnika znajdującego się w pobliżu), jak i to, że wspomniana już I Szkoła Miejska nosiła imię św. Jerzego (od nazwy ulicy upamiętniającej dawną kaplicę przyzamkową), wszystko zaczyna nabierać określonego sensu. Warto w tym miejscu przypomnieć, że w tamtych czasach proboszczem inowrocławskim był Antoni Laubitz, jedyny przedstawiciel tutejszych Polaków w deputacji szkolnej, który jak mało kto widział potrzebę powiązania służby duszpasterskiej z pracą narodową. Kto wie, czy właśnie ks. Laubitz nie był głównym propagatorem bliskiego polskiej kulturze nazewnictwa szkół elementarnych. Miał możliwości, by lansować Królową Polski i pierwszego naszego świętego jako patronów szkolnych - dysponował przecież nie tylko amboną, ale mógł oddziaływać za pośrednictwem "Dziennika Kujawskiego", którego był współzałożycielem oraz poprzez liczne organizacje społeczne, do których należał. Utrzymywał nadto ścisłe kontakty z Polakami wchodzącymi w skład Rady Miejskiej: dr. Józefem Krzymińskim, Michałem Kozłowiczem, dr. Teodorem Rakowskim, inż. Leonem Czarlińskim i innymi, którzy wiedzieli, na czym polega praca organiczna.
Niezależnie od słuszności powyższej sugestii nie możemy zapomnieć o wielowiekowym rodowodzie omawianej nazwy. Przy romańskim kościele Najświętszej Maryi Panny istniała bowiem niegdyś szkółka parafialna, jedna z trzech w średniowiecznym Inowrocławiu - obok przyklasztornej oraz najwcześniej - bo już w 1318 roku - wzmiankowanej szkoły przy kościele św. Mikołaja. Szkoła Panny Maryi stanowi więc pewną kontynuację kilkusetletnich tradycji, choć nie wydaje się prawdopodobne, aby w 1898 roku właśnie te odległe dzieje miały jakikolwiek wpływ na utrwalenie jej nazwy. Zadecydowało zapewne usytuowanie przy ulicy Panny Maryi, a tę okoliczność mogli wykorzystać Polacy, nie dając przy tym innym nacjom powodu do sprzeciwu.
Jak zatem widać, nazwa "Szkoła Panny Maryi" ma swój głęboki sens nie tylko religijny i moralny, ale również historyczny i patriotyczny. Funkcjonowała też w okresie międzywojennym i jeszcze krótko po II wojnie światowej, choć najprawdopodobniej nigdy nie doszło do oficjalnego jej usankcjonowania. Nie było to wcale konieczne, gdyż w tym akurat przypadku tradycja miała jednoznaczną i wystarczająco mocną wymowę.